Cyanobakterier klassificeras som bakterier, men uppvisar många likheter med alger. De trivs bäst när kvävet i vattnet är uttömt efter vårblomningen och när det fortfarande finns fosfor kvar i vattnet. Då har cyanobakterierna en konkurrensfördel jämfört med andra alger eftersom de kan fixera löst luftkväve i vattnet.
Höga vattentemperaturer och soligt lugnt väder tycks få blomningarna att bli extra stora och lätta att identifiera. Dessa brackvattensarter kan ej tillväxa i mer marin miljö som i Kattegatt och Skagerrak.
Ytansamlingar av cyanobakterier kan ses i satellitbilderna, som gulgröna, slingrande, områden på havsytan. De vita områdena i bilden är moln och de ljusblå områdena är höga moln vilket i vissa fall kan försvåra tolkningen. Mörkblå områden är vatten fritt från alger. Upplösningen på bilderna är ca 500 m.
De dominerande arterna
I Östersjöns brackvatten är det främst två arter av cyanobakterier som blommar under sommaren och bildar ytliga ansamlingar. De dominerande arterna är Aphanizomenon flos-aquae och den giftiga Nodularia spumigena (katthårsalg).
