Likabehandling får stort fokus på SMHI och ses som en förutsättning för en god arbetsmiljö. Tillsammans arbetar medarbetare och chefer för att upprätthålla en inkluderande arbetsmiljö som främjar mångfald och som förebygger diskriminering. SMHI är medlem i nätverket Lika villkor; ett regionalt myndighetsnätverk som arbetar med att driva en utveckling för att offentlig verksamhet i högre grad ska utöva sin skyldighet att tillgodose mänskliga rättigheter.
SMHI har sedan 2009 använt sig av Nyckeltalsinstitutets jämställdhetsindex, Jämix, för att följa upp och jämföra olika nyckeltal med andra myndigheter och företag. Nyckeltalen indikerar strukturella förutsättningar för en jämställd arbetsplats: ledning, karriär, lön, ohälsa, föräldraskap, deltid, trygghet samt aktivt jämställdhetsarbete.