I början av året sjönk vattenståndet som ett resultat av högtrycksbetonat väder med idel nordostliga vindar. Längs norrlandskusten sjönk vattenståndet till mycket under det normala och 14 januari noterades -126 cm i Haparanda, vilket blev årets lägsta observerade vattenstånd vid den svenska kusten. I samband med ett väderomslag till mildare väder i februari steg nivåerna återigen till över de normala i hela Östersjön.
Vattenstånd under det normala
I början av mars växte ett högtryck sakta in och sänkte vattenståndet till under normala nivåer igen. Vattenståndet höll sig sedan en aning under det normala till en bra bit in på sommaren.
I augusti och början av september passerade ett antal stormar och perioder med mycket sydvästliga vindar pressade upp nivåerna igen. Under oktober sjönk nivåerna igen till under de normala, orsakat av förhärskande nordostliga vindar. De låga vattenstånden i Östersjön sjönk ned till nära de lägsta nivåerna som någonsin observerats under oktober månad sedan mareografmätningarna startade 1886. Förhoppningar fanns då att detta skulle följas av ett större inflöde till Östersjön, likt det som inträffade i december 2015, vilket dock inte skedde, till bottendödens stora förtret.
Havsvattenståndet i Viken och Klagshamn (dygnsmedelvärden). För Öresund beskrivs vattenståndet (cm) i dess norra del av Viken och i dess södra del av Klagshamn. I diagrammet kan man se tillfällen då nivån i Viken är högre än i Klagshamn, dvs då det förekommer inflöde av saltvatten.
Rekordvattenstånd i slutet av året
Under november månad började vattenståndet stiga igen p.g.a. idel sydvästliga vindar. Detta fortsatte sedan in i december månad och på annandagen drog in över Sverige med orkanvindar och höjde vattenståndet till rekordnivåer längs västkusten. I Uddevalla uppmätte SMHI årets högsta vattenstånd med +161 cm.
Stationerna Ratan och Stockholm (dygnsmedelvärden) representerar här vattenståndet (cm) i Östersjön.
Årsmedelvärden kring det normala
Långa perioder med vattenstånd kring det normala gjorde att medelvattenståndet för 2016 hamnade kring det normala vid alla stationer. I Stockholm observerades ett årsmedel för år 2016 med 0,2 cm under det normala.