Eftersom nederbördsperioden var så utdragen blev problemen störst i de sjörika vattensystemen. I början fungerade sjöarna som en buffert för regnvattnet.
Vattennivåerna steg alltmer eftersom tillflödena till sjöarna ökade på grund av det kraftiga regnandet, samtidigt som mängden vatten som kan rinna ut från sjöarna har en naturlig begränsning. Byälven i Värmland, Upperudsälven (Dalslands kanal) i Dalsland, Nyköpingsån, Mälaren och Vänern var värst drabbade.
Problemen började i slutet av oktober då mycket nederbörd föll över stora delar av södra Sverige. I Bohuslän och Dalsland föll det upp mot 70 mm nederbörd under dygnen 29-30 oktober.
Flödena i små och medelstora vattendrag steg snabbt och i många vattendrag, t.ex. Örekilsälven, Strömsån och Enningdalsälven nåddes nivåer med en återkomsttid på omkring 50 år (d.v.s. ett flöde som i genomsnitt inträffar vart 50:e år).
Mycket nederbörd föll också under dessa dygn i Ångermanlands och Medelpads kustområde, där man i Rössjö utanför Örnsköldsvik uppmätte 104 mm regn på 24 timmar.
Regn under hela november
Väderläget under hela november dominerades av ständiga lågtryckspassager med regn i stort sett varje dag. Det gav höga flöden i vattendragen i Götaland, Svealand och södra Norrland. Stora mängder nederbörd föll speciellt den 7, 20 och 21 november i de redan utsatta områdena i Värmland och Dalsland.
Hårdast drabbat var Byälven, där det höga vattenståndet i Glafsfjorden gav stora problem med översvämningar i Arvika. Vattennivån där kulminerade i månadsskiftet november-december på 48,36 m över havet, vilket är cirka 3 m högre än den normala nivån.
Mälaren översteg den tidigare högsta nivån under nuvarande reglering (sedan 1968). Vattenståndet kulminerade i början av december på en nivå ungefär 0,5 m över normalt för december månad.
Även i Nyköpingsåns avrinningsområde uppmättes höga vattennivåer. Längst ner i vattensystemet var flödena högre än vad som tidigare uppmätts under nuvarande reglering (sedan 1940). Nivåerna här kulminerade i början av januari.
Vänern kulminerade i mitten på januari på nivån 45,67 m över havet, vilket är 0,4 m över det tidigare högsta uppmätta nivån under nuvarande reglering (sedan 1939).