SMHI deltar i nytt projekt för att artbestämma växtplankton i haven runt Sverige

Tillsammans med Umeå universitet och KTH ska SMHI under tre år utvärdera högkvalitativ sekvensering, även kallat DNA-streckkodning, som en teknik för att på ett snabbt och säkert sätt kunna artbestämma växtplankton i vattenprover. Projektet kommer att undersöka mångfalden men också ha en särskild inriktning på främmande och skadliga alger.

Det treåriga forskningsprojektet leds av Agneta Andersson som är professor i pelagial ekologi vid Umeå universitet. De beviljade medlen om 5 900 000 kronor kommer från Naturvårdsverket och Havs- och vattenmyndighetens forskningsutlysning om DNA- metoder som kan användas inom miljöövervakningen.

Förekomst av växtplankton ingår i det miljöövervakningsprogram som finansieras av Havs- och vattenmyndigheten. Att använda mikroskopi för detta är både tidskrävande och svårt. Projektets huvudsyfte är att utvärdera om DNA-streckkodning skulle kunna vara ett fungerande komplement. Metoden handlar om att samla in plankton från vattenprover på filter och med hjälp av artspecifika delar av DNA:t kunna ange vilka arter som fanns i det aktuella vattenprovet. Själva DNA-analyserna kommer att utföras i Stockholm.

Vattenproverna samlas in som en del av det svenska marina övervakningsprogrammet. Det ger en stor datamängd som täcker alla större havsområden kring Sverige och skapar möjlighet att jämföra DNA-streckkodningsresultaten med de taxonomiska identifieringar som gjorts med hjälp av mikroskopi. Dessutom kommer man att utvärdera en metod för mycket snabb och automatiserad artbestämning med hjälp av bildanalys.

Växtplankton Ceratium tripos mot en blå bakgrund
Ceratium tripos. Växtplankton från haven runt Sverige. Foto Bengt Karlson. Källa http://nordicmicroalgae.org

Provtagningarna startade i januari 2019 i samband med SMHI:s expedition med R/V Aranda i Östersjön och Västerhavet, en del av den svenska nationella miljöövervakningen. Under hösten tas det nya svenska forskningsfartyget Svea i bruk. Provtagningarna i Bottniska viken utförs av Umeå universitet. Ett samarbete med Stockholms universitet gällande provtagning i norra Egentliga Östersjön är också planerat.

- Vi är mycket glada över de här möjligheterna eftersom vi tidigare jobbat en hel del med det här, men nu äntligen har en stabil finansiering. Den stora mängd data kring biodiversitet som vi samlar in kommer att ligga till grund för inte bara utvärderingar av metoder utan även för vetenskapliga artiklar och utökade forskningssamarbeten, säger Bengt Karlson som är marinbiolog/biologisk oceanograf på SMHIs forskningsavdelning i Göteborg.