Vattenbalansen beskriver hur stor mängd vatten som kommer till och försvinner från ett område under en tidsperiod. Man räknar på vattenbalansen med vattenbalansekvationen:
R = P – ET – ΔS
R = Avrinning
P = Nederbörd
ET = Avdunstning och växters transpiration
ΔS = Magasinsförändring (i snö, sjöar, mark- och grundvatten)
Förkortningarna kommer från engelskan där R står för Runoff, P för Precipitation, ET för Evapotranspiration och S för Storage.

Nederbörd, avdunstning och lagring ser olika ut i olika delar av landet
Vattenbalansen ser olika ut på olika platser i landet. Till exempel lagras vatten som snö på vintern i norra Sverige och avrinningen minskar. I södra Sverige däremot, kan vintern vara en period när nederbörden ökar avrinningen och fyller på grundvattenmagasin och ytvattenmagasin. Generellt får också västra delarna av landet mer nederbörd.
På sommaren är mönstret annorlunda. I norra Sverige är avrinningen ofta hög sommartid beroende på att vårfloden har fyllt på i mark och vattenmagasin. I södra Sverige är eventuell vårflod betydligt lägre och dessutom är avdunstningen betydligt högre. Därför är avrinningen låg sommartid, särskilt i sydöstra Sverige där nederbörden generellt är mindre än i sydvästra Sverige.

Vattenbalans i en sjö eller ett mindre område
Vattenbalansen kan också beräknas för en sjö eller ett mindre område. Då ser vattenbalansekvationen ut såhär:
Qut = Qin + P – ET – ΔS

Qut = Vattenflöde ur sjön eller området
Qin = Vattenflöde in i sjön eller området
P = Nederbörd
ET = Avdunstning och växters transpiration
ΔS = Magasinsförändring (Förändring i vattennivå för sjö)