Nytt R-paket: SHARK4R förenklar arbetet med marina data

Ett nytt R-paket finns nu på The Comprehensive R Archive Network (CRAN). SHARK4R ger forskare och miljöanalytiker ett verktyg för att hämta, kvalitetssäkra och bearbeta marina miljödata direkt i R, ett populärt programmeringsspråk och statistikverktyg som används för dataanalys och visualisering.

Paketet innehåller bland annat klientfunktioner som kopplar användaren till flera centrala databaser, bland annat SHARK Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster., Dyntaxa Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster., WoRMS Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster., AlgaeBase Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster., IOC-UNESCOs taxonomiska listor och toxindatabaser samt hemsidan Nordic Microalgae Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster..

SHARK är plattformen för datauttag från Svenskt HavsARKiv. Där lagras biologiska, fysikaliska och kemiska data från den svenska marina miljöövervakningen. Data kan laddas ner via webbgränssnitt eller direkt genom API:et, vilket SHARK4R använder för att hämta data och integrera dem i analysflöden.

Utöver datainsamling erbjuder paketet automatisk kvalitetskontroll av fysikaliska, kemiska och biologiska parametrar. Paketet är utvecklat av SMHI inom ramen för Swedish Biodiversity Data Infrastructure (SBDI) Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster. och är anpassade för SHARK-formatet, vilket underlättar automatisering av dataflöden och erbjuder ett mer konsekvent underlag för analyser.

Så hittar du SHARK4R

SHARK4R finns på CRAN Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster. och dokumentation, inklusive kom-igång guider, finns på GitHub Länk till annan webbplats, öppnas i nytt fönster..