Varning klass 2, SverigeVättern är Sveriges näst största sjö. Sjön ligger i en förkastningssänka i jordskorpan och är därför långsträckt med branta strandlinjer och bråda djup. Med tanke på sjöns storlek så är det område varifrån sjön får sitt vatten litet. Detta beror på att sjön ligger högt i terrängen jämfört med de omgivande Östgöta- och Västgötaslätterna.
De största tillflödena kommer från Huskvarnaån samt ett sjösystem med bland annat Unden och Viken som rinner ut i Vättern vid Karlsborg. Via Motala ström rinner Vättern ut i Bråviken i Östersjön.
Utloppet som ligger vid Motala har en snabbare landhöjning (ca 2.7 mm/år) än Jönköping vid Vätterns sydspets (ca 1.3 mm/år). Sjöns strandlinje vid utloppet påverkas inte av landhöjningen men däremot sker en tippning av sjön mot söder.
Det medför att Vätterns nivå vid Jönköping stiger ungefär 1.4 mm per år (skillnaden i landhöjning mellan Motala och Jönköping). Detta faktum har medfört att Jönköpings kommun allt oftare får problem med översvämmade vägar och fyllda dagvattensystem under högflödessituationer.
