SMHI redovisar Vänerns vattenstånd som medelvärdet av mätningar vid Sunnanå och Sjötorp, på sjöns västra respektive östra sida. Medelvärdet utjämnar den starka påverkan som vind och lufttryck har på vattenstånden. Mätningarna visar att vattenståndet kan skilja mer än 20 cm mellan de båda mätplatserna.
Landhöjningen är ca 3,5 mm/år i Karlstadsområdet och 2,6 mm/år i Vänersborgsområdet. Denna skillnad i landhöjning orsakar en tippning av sjön mot söder och att sjön med tiden blir grundare i norr.
Sjöns vattenstånd avläst på en mätskala vid utloppet påverkas dock inte av landhöningen, såvida inte sjöns utloppströskel ändras. Som referens används därför vattenståndsmätningar vid Vänersborg för att korrigera mätningarna av vattenstånden vid de båda mätplatserna Sunnanå och Sjötorp.
Vänern byggdes ut för kraftproduktion under åren 1935-37. Genom regleringen tillåts inte vattennivån i sjön att stiga lika högt som tidigare. Även långa perioder med lågt naturligt vattenstånd kan förhindras så att förhållandena under båtsäsongen gynnas.
Varning klass 2, Sverige